《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
与温柔友人们度过的，值得珍惜的每一天—— 美丽而虚幻的，人与妖的物语。 从小就能看见妖怪的少年·夏目贵志，继承了祖母玲子的遗产“友人帐”，与自称保镖的猫咪老师一起，开始将名字返还给被束缚在友人帐中的妖怪。 通过与妖怪及与之相关的人们接触，开始摸索自己前进之路的夏目，在与心灵相通的朋友们帮助下，设法守护自己重要的每一天。
新田义史（中岛良树 配音）是就职于芦川组的黑社会干部，虽然长相非常的凶恶，从事的也是令人闻风丧胆的职业，但实际上，新田义史拥有一颗十分善良的心灵。一天，一个神秘的椭圆形物体掉落到了新田义史的房间里，在那里出现了一个美丽的少女雏（田中贵子 配音）。面无表情的雏向新田义史强大的念动力，迫于雏的淫威，新田义史不得不让她以女儿的身份住进自己的家中，就这样，黑社会人事和超能力少女的同居生活开始了。
曾经，这是一个人类和魔法共存的世界，但一场意外的发生令魔法就此消身匿迹，一晃眼就是1000年过去，人类甚至连他们曾经拥有魔法这件事情都给忘记了。小日向满月（岛袋美由利 配音）是一名个性活泼开朗的女子高中生，不擅长拒绝的她无论别人拜托什么事情都会满口答应下来，因此在当地人缘非常的好。一天，小日向满月邂逅了一位名叫新月艾尔涅丝塔深海（种崎敦美 配音）的神秘少女，看上去冷漠孤傲拒人于千里之外的少女，也被小日向满月的热情给融化了。在新月艾尔涅丝塔深海的带领之下，小日向满月第一次知道这个世界上存在着人偶阿尔玛诺克斯，同时亦得知了魔法并没有完全绝迹的真相。
